42个图扩散模型：从分子生成到材料设计的选型指南-北京尧图网络

42个图扩散模型从分子生成到材料设计的选型指南【免费下载链接】Awesome-Diffusion-ModelsA collection of resources and papers on Diffusion Models项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/Awesome-Diffusion-ModelsAwesome-Diffusion-Models 是一个汇集 42 个图扩散模型研究的资源仓库覆盖分子生成、蛋白质设计、材料发现三类任务为你把「扩散模型能用在科学数据上」这件事的文献入口整理成了可直接检索的清单。问图扩散模型到底是怎么给图加噪的直觉上很简单先把目标数据不断加噪直到面目全非再训练一个模型学会逐步去噪反向过程从纯噪声出发就能「倒推」出符合原始分布的样本。图像扩散模型做的事就是这一套只是对象是像素。图扩散模型把同一套思想搬到了图结构数据上节点对应原子或分子边对应化学键加噪与去噪同时作用在节点属性和边的连接关系上。这里既有难点也有价值所在。42 篇研究分成哪两条线仓库里的研究基本分两支。一支是通用图生成共 11 篇面向社交网络、知识图谱这类拓扑结构另一支是分子与材料生成共 31 篇对象是分子结构、蛋白质构象和周期性晶体。两个分支的入口分别在 docs/graph_generation.html 和 docs/graph_molecular_and_material_generation.html总览页在 docs/graph.html。问拿到一个靶蛋白怎么找到能结合的 3D 分子这是药物发现里最典型的端到端问题仓库里有完整的模型梯队。DiffBP 直接生成能与指定靶蛋白结合的 3D 分子结构把蛋白作为扩散过程的条件输入骨架层面SE(3) 扩散模型针对蛋白质骨架点生成结构用于 protein backbone generation如果要预测蛋白-配体复合物Dynamic-Backbone 用多尺度生成扩散同时处理骨架与配体两侧的结构。等变性为什么是 3D 生成的硬要求一个分子被旋转或平移后生成结果的分布应做同样的旋转或平移。Equivariant Diffusion 一系模型把这种几何对称性写进网络结构里保证生成的 3D 构象物理上合理。这也是分子/材料生成分支里最核心的技术路线之一。问不做药做晶体材料或构象搜索呢材料方向有专门的工具Crystal Diffusion Variational Autoencoder 可以生成周期性材料结构用来加速候选材料筛选。单分子内部的构象采样则看 Torsional Diffusion它专做分子构象生成在扭转角上做扩散比直接对笛卡尔坐标扩散更贴合分子运动的实际方式。问42 个模型先读哪三个建议顺序是先读综述 A Survey on Graph Diffusion Models 建立整体地图再精读 DiffBP 看一个完整的条件生成案例最后读 Torsional Diffusion 或 Equivariant Diffusion for Molecule Generation in 3D分别理解离散图状态和连续 3D 坐标两条技术路线。仓库还整理了入门资源Introductory Posts、Papers、Videos、Lectures 和 Jupyter Notebook都归在 docs/resource.html 下。先对扩散模型本身建立直觉再回到图分支读起来会轻松不少。把 graph 分支的三页读完你就拿到了这 42 篇研究的完整地图下一篇精读哪篇取决于你的课题落在哪个分支。【免费下载链接】Awesome-Diffusion-ModelsA collection of resources and papers on Diffusion Models项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/aw/Awesome-Diffusion-Models创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考

42个图扩散模型：从分子生成到材料设计的选型指南

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